Boril i German proponowali cesarzowi zaatakowanie Aleksego, ten jednak posłuchał rady patriarchy Kosmy I i w kościele Hagia Sophia uroczyście zrzekł się władzy.
Księga III Po abdykacji Botaniata został przewieziony do klasztoru Periblepta, gdzie przypilnowano, by przywdział habit mnicha. Kilka dni później patriarcha koronował Aleksego. Ponieważ jego żona Irena nie została ukoronowana z nim, Dukasi zaniepokojeni o to, by Aleksy nie oddalił jej i nie poślubił cesarzowej Marii, doprowadzili do jej koronacji w kilka dni później w zamian za ustąpienie patriarchy Kosmy. Jego miejsce zajął ulubieniec matki Aleksego, Anny Dalasseny, Eustrat Garida. Aleksy na prośbę cesarzowej Marii wyniósł do godności współcesarza jej syna Konstantyna. Po tym akcie cesarzowa oddaliła się do klasztoru. Swego brata Izaaka, Aleksy wyniósł do godności drugiej osoby w cesarstwie tworząc godność sebastokratora. Czując wyrzuty sumienia związane z rozbojami, które miały miejsce w stolicy, jeszcze w kwietniu Aleksy poddał się publicznemu osądowi przed patriarchą i wraz z całym dworem przyjął czterdziestodniową pokutę. W sierpniu wobec najazdu Guiscarda, uroczystą bullą, rządy w państwie przekazał swej matce Annie Dalassenie.