Planowano wówczas utworzenie w tych budynkach Muzeum Przyrodniczego i pracowni przyrodniczych.
W latach 1946–1951 uporządkowano obiekt, założono instalacje techniczne oraz wybudowano budynki gospodarcze ze szklarnią. Drzewostan stopniowo uzupełniano nowymi gatunkami drzew i krzewów, rodzimego i obcego pochodzenia.
W 1951 roku ogród został przekazany Instytutowi Hodowli i Aklimatyzacji Roślin i do roku 1979 pełnił funkcję Ogrodu Botanicznego. Do roku 1970 podlegał Zakładowi Biologii i Fizjologii Rozwoju Roślin IHAR w Radzikowie k. Warszawy, natomiast od 1971 r. działał w ramach Zakładu Centralnej Kolekcji RoślinEncyklopedia Bydgoszczy. t.1. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , str. 308-309. W tym czasie z jednostki służącej szkolnictwu oraz wypoczynkowi przekształcił się w instytucję naukowo-badawczą.