W latach 1954–1968 był członkiem PZPR, a w okresie 1952–1956 posłem na Sejm PRL I kadencji. W latach 60. należał do grupy zaledwie 12 osób w Polsce, które posiadały wiedzę na temat przechowywania na terenie kraju sowieckiej broni atomowej (zadanie specjalne „Wisła”)Magazyn imperium zła: Podborsko 3001. mały|Od lewej gen. Jerzy Bordziłowski, mjr Władysław Zapłatyński i gen. Jan Szymanowski W lutym 1965 został głównym inspektorem szkolenia bojowego i jednocześnie wiceministrem obrony narodowej. Funkcje te pełnił do marca 1968, gdy zakończył służbę w Wojsku Polskim, wyjeżdżając do ZSRR. Po wyjeździe z Polski pełnił służbę w Korpusie Inspektorów Generalnych Armii Radzieckiej.
Zmarł 5 kwietnia 1983 w Moskwie, pochowany 8 kwietnia tego samego roku na cmentarzu Nowokuncewskim w Moskwie. W imieniu Wojska Polskiego gen. Bordziłowskiego żegnał wiceminister obrony narodowej, Główny Inspektor Obrony Terytorialnej gen. broni Tadeusz Tuczapski. W pogrzebie uczestniczył także ambasador PRL w ZSRR Stanisław Kociołek oraz attaché wojskowy Ambasady PRL w Moskwie gen. dyw. Ignacy Szczęsnowicz.
Napisał wspomnienia: Żołnierska droga wyd. MON (t. I – 1970, t. II – 1972).