Katedra posiadała odtąd pięć wież: dwie na przedłużeniu naw bocznych w fasadzie zachodniej, dwie przylegające do transeptu i flankujące chór oraz wieżę nad skrzyżowaniem naw. W tym czasie powstały też pierwsze kaplice grobowe przylegające do naw bocznych.
Mimo stosunkowo masywnej konstrukcji bazylejskie trzęsienie ziemi 18 października 1356 zniszczyło pięć wież, różne części sklepienia i część krypty. Pod nadzorem mistrza budowlanego Jana z Gmünd z rodziny Parlerów po raz kolejny odbudowano zniszczony kościół. Formy gotyckie pojawiły się jedynie w odbudowywanych górnych partiach chóru, pozostałe części budowli odnowiono zaś z pozostawieniem dawnych form romańskich. Już w 1363 można było ponownie poświęcić główny ołtarz. W 1421 Ulrich von Ensingen, budowniczy wież katedralnych w Ulm i Strasburgu, rozpoczął rozbudowę północnej wieży św. Jerzego; prace ukończono w 1429. Południowa wieża św. Marcina (Martinsturm) została ukończona 23 lipca 1500 przez Hansa z Nußdorf (Hans von Nußdorf). Wraz z tą datą oficjalnie uznano katedrę za ukończoną. W XV w. powstały także krużganki wielki i mały (→ krużganek).