Tymczasem Napoleon natychmiast powrócił z Hiszpanii i rozkazał marszałkowi Berthier'mu rozpoczęcie formowania Wielkiej Armii, która miała składać się z francuskich i sprzymierzonych sił gromadzonych na brzegach Dunaju.
Austriacy kontynuowali swój marsz w głąb Bawarii, pchając przed sobą jej armię. III Korpus weteranów marszałka Davouta stał osamotniony w pobliżu Ratyzbony nad brzegiem Dunaju.
16 kwietnia Arcyksiążę Jan zaatakował i pokonał francusko-włoskie siły wicekróla Eugeniusza de Beauharnais pod Sacile, co zmusiło Eugniusza do cofnięcia się za Adygę.
Bitwa Arcyksiążę Karol zdawał sobie sprawę, jak słaba jest pozycja korpusu Davouta. Miał Dunaj za plecami, więc pokonanie go równałoby się całkowitemu zniszczeniu. Tę możliwość Karol postanowił wykorzystać, więc wydzielił ze swej armii trzy korpusy z zadaniem odnalezienia i uderzenia na korpus Davouta. Austriacy ruszyli na północ, w kierunku Ratyzbony, gdzie Davout powinien się znajdować.
Tymczasem francuski marszałek skierował swe siły na południowy wschód w nadziei, że uda mu się dołączyć do bawarskich lub francuskich wojsk.