Fabuła Główną bohaterką gry jest znana z części pierwszej młoda Rebecca Chambers, jedna z członków grupy S.T.A.R.S., która wyruszyła wraz ze swoją drużyną w góry Arklay, z celem odkrycia przyczyny licznych morderstw w okolicach miasta Raccoon City. Niestety, drużyna awaryjnie ląduje w lesie nieopodal miasta Raccoon, a w międzyczasie, wóz policyjny przewożący mordercę Billy'ego Coena zostaje zaatakowany, dzięki czemu przestępca ucieka. Rebecca Chambers i kilku członków z grupy wchodzą do pobliskiego pociągu, który okazuje się być pełen krwiożerczych zombie. Kobieta spotyka na swojej drodze Billy'ego Coena, z którym postanawia na jakiś czas połączyć siły, i spróbować przetrwać ten koszmar.
Postacie Billy Coen – były porucznik Marynarki Wojennej USA, niesłusznie oskarżony o zamordowanie 23 ludzi z pewnej afrykańskiej wioski. Furgonetka, która przewoziła go do więzienia, została zaatakowana przez krwiożercze stwory, dzięki czemu Billy zdołał uciec i ukryć się w pociągu, w którym spotkał Rebeccę Chambers. Rebecca Chambers – bohaterka znana z części pierwszej i REmake'u. Rebecca to 18-letnia członkini oddziału S.T.A.R.S., która wyrusza za swoją drużyną na swoją pierwszą misję.