do największych jego dzieł należy wielki młyn prochowy w Auguście w Georgii, który pod nadzorem George’a W. Rainsa rozpoczął produkcję w 1862 r. Wysłał Caleba Huse’a do Europy, aby zakupił co się da jeśli chodzi o broń i amunicję. Uzbrojenie i inne materiały wysłane przez Huse’a poprzez blokadę były kluczowe dla przetrwania Konfederacji przez pierwszy rok wojny. Dzięki staraniom jego oraz innych oficerów służby uzbrojenia, armiom Konfederacji nigdy nie brakowało amunicji i broni. Utworzył Biuro Kopalni i Nitrokalitu kierowane przez Isaaca M. St. Johna, który odkrył w południowych Appalachach wapienne jaskinie zawierające saletrę.
28 lipca 1863 roku, Josiah Gorgas, po bitwie pod Gettysburgiem napisał w dzienniku wpisu:
10 listopada 1864, Gorgas został awansowany na generała brygady. Po porażce Konfederatów w bitwie pod Nashville pisał w pamiętniku: „Najczarniejszy i najbardziej ponury dzień... kryzys, jakiego wcześniej nie doświadczyliśmy”, „Gdzie to wszystko się skończy? Nie ma pieniędzy w Skarbie – nie ma żywności dla generała Lee – nie ma żołnierzy, którzy mogą stawić czoła Shermanowi... czy nasza sprawa rzeczywiście jest beznadziejna?