Po napisaniu The Dream of the Rood Ferguson zrezygnował z komponowania na rzecz uprawiania muzykologii mówiąc, że w swych stosunkowo niewielu dziełach "powiedział" już wszystko co miał do powiedzenia. Jego Keyboard Interpretation from the 14th to 19th Century (1975) oraz antologie wczesnej muzyki klawiszowej francuskiej, włoskiej, niemieckiej i angielskiej (1966, 1968, 1970, 1971) cieszyły się powodzeniem zarówno wśród wykonawców profesjonalnych jak i amatorów.
Wybrane kompozycje Op. 1 Two Ballads, na baryton i orkiestrę (1928-32) Op. 2 Sonata skrzypcowa nr 1 (1931) Op. 3 Three Mediaeval Carols, na głos i fortepian (1932-33) Op. 4 Octet, na klarnet, fagot, róg, kwartet smyczkowy i kontrabas (1933) Op. 5a Partita, wersja orkiestrowa (1935-36) Op. 5b Partita, wersja na 2 fortepiany lub fortepian na 4 ręce (1935-36) Op. 6 Four Short Pieces, na klarnet, altówkę i fortepian (1932-36) Op. 7 Four Diversions on Ulster Airs, na orkiestrę (1939-42) Op. 8 Sonata fortepianowa f-moll (1938-40) Op. 9 Five Bagatelles na fortepian (1944) Op. 10 Sonata skrzypcowa nr 2 (1946) Op. 12 Koncert na fortepian i orkiestrę smyczkową (1950-51) Op. 13 Discovery, cykl pieśni do słów Dentona Welcha na głos i fortepian (1951) Op. 14 Three Sketches, na flet i fortepian (1932, popr. 1952) Op.