Igrzyska w Calgary były pierwszymi, na których rozegrano zawody drużynowe w kombinacji norweskiej i tym samym reprezentanci RFN zostali pierwszymi w historii mistrzami olimpijskimi w tej konkurencji. Złoty medal olimpijski był równocześnie ostatnim sukcesem w karierze Thomasa.
Müller startował w zawodach Pucharu Świata do sezonu 1991/1992, jednak osiągał coraz słabsze wyniki. W tym czasie wystartował jeszcze na mistrzostwach świata w Lahti w 1989 roku zajmując siódme miejsce w sztafecie i dziewiąte indywidualnie. Ostatnią dużą imprezą w jego karierze były mistrzostwa świata w Val di Fiemme w 1991 roku. Indywidualnie zajął dziesiąte miejsce, a wspólnie z kolegami był czwarty w sztafecie, przegrywając walkę o brązowy medal z Japończykami. W 1992 roku zakończył karierę.
Po zakończeniu kariery został trenerem w Oberstdorfie. W 2009 roku został wybrany trenerem roku w kombinacji norweskiej przez Niemiecki Związek Narciarski (DSV).