Nowojorski Regiment Piechoty i został jego pułkownikiem 19 października 1861 r.
Pierwszej walki zakosztował w bitwie siedmiodniowej w 1862 r. Jego regiment został przydzielony do brygady Williama Frencha, w dywizji Edwina Summera, armii Potomaku, dowodzonej przez gen. dyw. George’a McClellana. Zook, osobiście dopełniając zwiadu przed regimentem, trafił za linie przeciwnika i odkrył, iż gen. dyw. John Magruder zaplanował wypracowany podstęp, zmuszając unionistów do uwierzenia, iż ma więcej wojsk niż w rzeczywistości. Zook poinformował o tym McClellana, jednakże ten zignorował informacje, przez co siły Unii, które mogły zostać spożytkowane gdzie indziej, pozostały uwiązane w miejscu.
Fredericksburg Zook musiał udać się na urlop zdrowotny, wywołany chronicznym i przejmującym reumatyzmem, przez co ominęła go bitwa nad Antietam. Kiedy powrócił, przyznane mu został dowództwo nad brygadą Frencha (3. Brygada, 1. Dywizji, II Korpusu Unii), pod dywizyjnym przewodnictwem gen. dyw. Winfielda Scotta Hancocka. Brygada trafiła do Fredericksburga jako jedna z pierwszych – Zook chciał jak najprędzej przekroczyć Rappahannock River, zanim głównodowodzący Konfederacji Robert E. Lee zdoła wzmocnić swoje pozycje w mieście i na otaczających go wzgórzach. Jednakże dowódca armii Potomaku, gen. dyw.