Projekt kasaty przygotowali minister Stanisław Kostka Potocki (główny jej inicjator) i Stanisław Staszic. Zakładał on likwidację 30 klasztorów męskich i 8 żeńskich. Biskup Malczewski był przeciwny przeprowadzeniu tak szerokiej akcji likwidacyjnej. Naciskany przez Potockiego, biskupa Szczepana Hołowczyca, Antoniego Melchiora Fijałkowskiego, Antoniego Kotowskiego, prawdopodobnie nie do końca już świadomy, podpisał 17 kwietnia 1819 dekret kasacyjny. Na mocy dekretu skasowano m.in.: opactwo cystersów w Sulejowie, opactwo cystersów w Wąchocku, opactwo benedyktynów na Świętym Krzyżu, opactwo benedyktynów w Sieciechowie, klasztory norbertanów w Witowie i Hebdowie, klasztor bożogrobców w Miechowie, klasztor kamedułów w SzańcuRobert Zwierzyniecki, Zarys historii wsi parafii Szaniec, Kraków 2017, s.14..
Komisja Rządowa Wyznań i Oświecenia Publicznego delegowała Samuela Bogumiła Lindego, który zabezpieczał cenne księgozbiory bibliotek supremowanych klasztorów, przesyłając je do Warszawy.