W Letnim Grand Prix 2011 Kubacki osiągnął gorsze rezultaty niż rok wcześniej, najwyższym jego miejscem w konkursie indywidualnym było 15. z Zakopanego. W Letnim Pucharze Kontynentalnym raz zajął 3. pozycję. Zimą ponownie nie zdobył punktów Pucharu Świata. W cyklu startował na początku sezonu, w dziewięciu próbach czterokrotnie awansując do pierwszej serii, a w najlepszym występie zajmując 34. miejsce. W drugiej części sezonu występował w Pucharze Kontynentalnym, najwyżej sklasyfikowanym będąc na 14. miejscu w Zakopanem.
Sezon 2012/2013 Lato 2012 Kubacki rozpoczął od miejsc na podium w Pucharze Kontynentalnym. W Letnim Grand Prix 2012 czterokrotnie zajmował miejsca w pierwszej dziesiątce: w Courchevel był 5., w Hinterzarten 6., w pierwszym konkursie w Hakubie ponownie 5., zaś 26 sierpnia 2012 po raz trzeci w karierze zajął miejsce na podium zawodów Letniego Grand Prix, kończąc na 3. pozycji drugi konkurs w Hakubie. Cały cykl ukończył na 8. pozycji.