W czasie I wojny światowej, podczas rosyjskiej okupacji Galicji Wschodniej, przebywał we Lwowie jako bliski współpracownik nadzorującego i rozbudowującego struktury prawosławne w Galicji arcybiskupa Eulogiusza. Gdy Rosjanie musieli wycofać się z Galicji, hieromnich Smaragd powrócił do Chełma i stamtąd w czerwcu 1915 r. ewakuował się do Moskwy razem z innymi wykładowcami i słuchaczami seminarium, konsystorzem eparchialnym i biskupem Anastazym. W Moskwie seminarium znalazło tymczasową siedzibę w monasterze Zaikonospasskim, a hieromnich Smaragd w kwietniu 1916 r. został jego rektorem. W Moskwie duchowny nadal zasiadał w radzie misyjnej eparchii. Planował po zakończeniu wojny i powrocie Chełmszczyzny pod kontrolę rosyjską walczyć z unią, mazepiństwem (tzn. ukraińskim ruchem narodowym), a także „żydostwem i wojującym polskim katolicyzmem”. Także zmiany w Rosji w 1917 r. i upadek caratu nie zmieniły jego konserwatywnych i szowinistycznych poglądów.