Historia Kongregacja utworzona została w 1564 w czasie trwania Soboru trydenckiego (Sacra Congregatio Cardinalium pro executione et interpretatione concilii Tridentini interpretum) przez papieża Piusa IV pod pierwotną nazwą Kongregacji SoborowejBaron Arkadiusz, Pietras Henryk, Dokumenty soborów powszechnych, WAM, Kraków, 2001 – 2004. Z początku do jej zadań należało jedynie czuwanie nad wypełnianiem przez duchownych ich obowiązków i sprawdzanie stopnia, w jakim wywiązują się oni z poleceń papieskich i KuriiPius IV, konstytucja apostolska Alias Nos.. Dopiero w 1588 w konstytucji apostolskiej Immensa papież Sykstus V rozszerzył uprawnienia tego organu na stałą i ścisłą kontrolę nad duchowieństwem. Do obowiązków kongregacji doszła m.in. piecza nad całokształtem administracji duchowieństwa katolickiego, dbałość o moralność wśród księży, kontrola i utrzymywanie dóbr kościelnych (kaplic, kościołów, dzieł sztuki), jakie były własnością parafii bądź biskupstwSykstus V, konstytucja apostolska Immensa.. W 1967 papież Paweł VI zmienił nazwę kongregacji na Kongregacja ds. DuchowieństwaKonstytucji apostolska Regimini Ecclesiae Uniwersae.. W 2022 papież Franciszek zmienił nazwę urzędu na Dykasteria ds. Duchowieństwa.