Zakonnicy wraz z biskupem dokładnie obejrzeli Nysę i jej okolicę i wybrali miejsce na budowę klasztoru, które najbardziej im się spodobało – położone poza miastem, nieopodal Bramy Wrocławskiej, na niewielkim wzgórzu za rzeką, wśród zieleni, pól i ogrodów, obok domów opieki św. Łazarza i św. Wawrzyńca.
Po uzyskaniu zgody wiedeńskiego prowincjała, biskupa wrocławskiego arcyksięcia Leopolda Wilhelma Habsburga oraz nyskiej rady miejskiej rozpoczęły się przygotowania do budowy zespołu klasztorno-kościelnego. Dzieci z domu św. Wawrzyńca przeniesiono do innego domu opieki w pobliżu Krowiej Bramy. Dla osiemnastu kobiet przebywających wówczas w szpitalu św. Łazarza biskup Leopold Wilhelm wybudował w 1658 roku nowy dom na Starym Mieście w pobliżu kościoła św. Mikołaja. W ten sposób zwolniło się miejsce na klasztor. Po dokupieniu sąsiednich ogrodów cała posesja miała około 2,5 ha powierzchni.
Klasztor i kościół kapucyński powstały dzięki hojności biskupa Leopolda Wilhelma. Plany budynków zostały opracowane zgodnie ze statutami kapucyńskimi przez zakonnych architektów oo. Cezarego z Monachium i Jana ze Styrii. Uzupełnili technicznie projekt i kierowali pracami budowlanymi Michał Neumayer z Austrii i Jan Langschwandt z Salzburga.