Podstawowe cechy Mendeley Desktop jest zbudowane w oparciu o biblioteki Qt. Jest dostępne dla systemów Windows, Mac OS i Linux. Automatyczne wykrywanie metadanych dokumentów w formacie PDF. Przechowywanie i synchronizacja dokumentów (pomiędzy kilkoma komputerami i za pośrednictwem prywatnego konta on-line). Czytnik plików PDF z możliwością dodawania notatek, zakreśleń i funkcją czytania w trybie pełnoekranowym. Wyszukiwanie haseł w pełnym tekście dodanych dokumentów. Możliwość tagowania dokumentów. Organizowanie i automatyczna zmiana nazw przechowywanych dokumentów. Automatyczne wstawianie przypisów i bibliografii w edytorach tekstu: Microsoft Word, OpenOffice i LibreOffice. Importowanie dokumentów i artykułów naukowych z innych stron internetowych (PubMed, Google Scholar itp.) za pomocą specjalnej skryptozakładki. Obsługa metody COinS na stronie Mendeley, oraz możliwość importowania dokumentów ze stron zawierających metadane COinS. Możliwość dzielenia się i wspólnego oznaczania dokumentów w specjalnych kolekcjach. Funkcje społecznościowe (kontakt z naukowcami o podobnych