Po II wojnie światowej szkoła utraciła patrona. Stała się koedukacyjna i uzyskała nazwę II Liceum Ogólnokształcącego, 2 razy zmieniła swoją siedzibę (w roku 1967 do gmachu przy ulicy Warszawskiej, następnie przy ulicy Narewskiej 11 w 1970, gdzie pozostaje) oraz na krótki czas przyjęła imię Bohaterów 9. Drezdeńskiej Dywizji Piechoty, z którego używania zrezygnowano w 1993. Od roku 1994 rozpoczęły się prace nad nadaniem szkole nowego imienia, by w 1998 roku w głosowaniu uczniów, nauczycieli i rodziców wygrał Stanisław Wyspiański. Jednak dzięki pasji do poznawania przeszłości historyka Sławomira Piórkowskiego, który to odkrył zapomniane pochodzenie II LO, narodził się pomysł powrotu do patronki Gimnazjum Żeńskiego. W ponownym głosowaniu zdecydowano o przywróceniu imienia księżnej Anny z Sapiehów Jabłonowskiej.
22 listopada 1999 odbyła się uroczystość przywrócenia imienia szkole. Zaproszono gości, m.in. księcia Stanisława Jabłonowskiego, potomka krewnych patronki.