Główne sfery działań Magnusa to reforma administracji finansowej księstwa (powołanie centralnego skarbnca, oddzielenie budżetu dworu i państwa od siebie), reforma administracji wewnętrznej (zmiana roli kancelarii, obsadzanie urzędów przez prawników, początki reorganizacji rady książęcej w kolegium rządowe) oraz osobiste zaangażowanie księcia w sprawy gospodarcze (zachęta do wzmożenia eksportu, przede wszystkim zboża i drewna, równe bariery handlowe o charakterze merkantylistycznym, książęce monopole eksportowe). Realizacja tych celów spotykała się jednak z oporem miast (przede wszystkim Rostocka i Wismaru), których autonomię chciał Magnus ograniczyć, nie zdobył też poparcia rycerstwa.
Rodzina 31 maja 1478 r. Magnus II poślubił Zofię, córkę Eryka II, księcia wołogoskiego, słupskiego i szczecińskiego oraz Zofii. Ze związku małżeńskiego pochodziło siedmioro dzieci: Henryk V Zgodny (ur. 3 maja 1479, zm. 6 lutego 1552) – książę meklemburski na Schwerinie, Dorota (ur. 21 października 1480, zm. 1 września 1537) – przeorysza klasztoru w Ribnitz, Zofia (18 grudnia 1481, zm. 12 lipca 1503) – żona Jana Stałego, elektora saskiego, Eryk II (ur. 3 września 1483, zm. 22 grudnia 1508) – książę meklemburski na Schwerinie, Anna (ur. 14 września 1485, zm.