Postanowieniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Lecha Kaczyńskiego z 24 maja 2007 „za wybitne zasługi w pracy misyjnej, za działalność na rzecz ludzi potrzebujących pomocy, za patriotyczną postawę rozstawiającą imię Polski w świecie” odznaczony został Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski. W imieniu Prezydenta RP order wręczył kardynałowi Piotr Latawiec, dyrektor Biblioteki Głównej oraz członek Senatu Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie, podczas oficjalnej wizyty Senatu Uniwersytetu w Republice Zambii, 25 lipca 2007.
Został odznaczony odznaką honorową „Zasłużony dla Województwa Podkarpackiego”. Senat UKSW 22 marca 2007 postanowił nadać kardynałowi Kozłowieckiemu doktorat honoris causa. Został wręczony 25 lipca 2007.
Jego imieniem nazwano szkołę w Hucie Komorowskiej w powiecie kolbuszowskim.
Pamiątki związane z osobą kardynała – w tym jego pierścień, paliusz biskupi, piuska i pas biskupi, bulle papieskie przydzielające mu tytularne biskupstwa we Włoszech (Potenza Picena i kościół S. Andrea a Quirinale), medale i odznaczenia, w tym: Order Polonia Restituta i medal Legii Honorowej Republiki Francuskiej – przechowywane są w zbiorach Muzeum Towarzystwa Jezusowego Prowincji Polski Południowej w Starej Wsi k. Brzozowa (woj.podkarpackie).