Twórczość Nicolausa Bruhnsa jest różnorodna. Pomimo wszechstronnych zainteresowań muzycznych znamy przede wszystkim jego utwory o charakterze religijnym. Są to więc głównie kantaty oraz preludia i fugi na organy. Kantaty Bruhnsa należą do gatunku koncertów religijnych z udziałem chóru, głosów solowych (ariosa) i instrumentalnych. Inspiracje do swych dzieł czerpał z tekstów biblijnych, chorału i poezji madrygałowej. Kompozycje organowe Bruhnsa wyraźnie nawiązują do twórczości jego nauczyciela, Buxtehudego.
Kantaty Hemmt eure Tränenflut De profundis Der Herr hat seinen Stuhl im Himmel bereitet Die Zeit meines Abschieds ist vorhanden Erstanden ist der heilige Christ Ich liege und schlafe Jauchzet dem Herren alle Welt Mein herz ist bereit Muss nicht der Mensch O werter heil’ ger Geist Paratum cor meum Wohl dem, der den Herren fürchtet
Utwory organowe Preludium i fuga e-moll („wielkie”), Preludium i fuga e-moll („małe), Preludium i fuga G-dur, Preludium i fuga g-moll, Preludium D-dur (fragment), Fantazja chorałowa Nun Komm Der Heiden Heiland.