Od 1880 członek Niemieckiej Akademii Przyrodników Leopoldina (niem. Deutsche Akademie der Naturforscher Leopoldina), członek Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen. thumb|240px|Grobowiec rodzinny w Getyndze W 1870 ożenił się z Anną Henle (1850–1923), córką Jakoba Henlego. Mieli trzech synów (dwóch zginęło na froncie) i trzy córki (dwie zmarły w młodym wieku). Syn Paul Merkel był profesorem prawa na Uniwersytecie w Greifswaldzie.
Merkel wprowadził do atlasów anatomicznych stosowaną do dziś konwencję, oznaczania tętnic kolorem czerwonym, żył – niebieskim, a nerwów – żółtymHenry Alan Skinner: The origin of medical terms. Williams & Wilkins, 1961 s. 272..
Wybrane prace Über eine anomale Verbindung des M. pectoralis maior und latissimus dorsi. Zeitschrift für rationelle Medicin 29 d. III. Reihe (1867) Zur Anatomie der Iris. Zeitschrift für rationelle Medicin Bd. 31 (1868) Mitteilurgen über Stützzellen. Göttinger Nachrichten 1869, Nr. 1. Henle, Merkel. Über die sogenannte Bindesubstanz der Zentralorgane des Nervensystems. Zeitschrift für rationelle Medicin Bd. 34, III. Reihe (1869) Der Diktator pupillae. Zeitschrift für rationelle Medicin Bd. 34 (1869) Über die Macula lutea des Menschen und die Ora serrata einiger Wirbeltiere. Inauguraldissertation. Leipzig, W. Engelmann, 1869. Die Zonula ciliaris.