"Mary" wziął udział w drugiej wojnie angielsko-holenderskiej, która wybuchła w 1665 roku. Pod dowództwem Jeremiaha (Jeremy’ego) Smitha walczył w bitwie pod Lowestoft, gdzie wspólnie z "Royal Oak" oraz "Royal Katherine" stoczył zwycięską walkę z holenderskim statkiem Oranje. W następnym roku "Mary" należał do eskadry "niebieskiej" stanowiącej awangardę floty w zwycięskiej bitwie pod North Foreland.
"Mary" wziął również udział w kolejnej wojnie angielsko-holenderskiej. W 1672 roku wchodził w skład eskadry "niebieskiej" stanowiącej ariergardę połączonej floty angielsko-francuskiej w nierozstrzygniętej bitwie pod Solebay. W rok później okręt walczył w przegranej dla sojuszników pierwszej i drugiej bitwie pod Schooneveld, jako okręt eskadry "niebieskiej", oraz w zakończonej takim samym rezultatem bitwie pod Texel jako okręt eskadry "czerwonej".
W 1678 roku "Mary" ponownie udał się na Morze Śródziemne jako część floty księcia Ruperta, gdzie wziął udział w zdobyciu 40-działowego okrętu algierskiego.
w 1688 roku "Mary" został przebudowany w Woolwich pod kierunkiem Thomasa Shisha i sklasyfikowany jako dwupokładowy okręt liniowy III rangi.
"Mary" wziął następnie udział w wojnie przeciwko Francji.