Rada wykorzystała żądanie jako okazję, by pozbyć się ze swojego składu kłopotliwej denominacji.
23 stycznia 2000 Kościół Rzymskokatolicki oraz sześć Kościołów zrzeszonych w Polskiej Radzie Ekumenicznej: Ewangelicko-Augsburski, Ewangelicko-Reformowany, Ewangelicko-Metodystyczny, Starokatolicki Mariawitów, Polskokatolicki i Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny – w luterańskim kościele Św. Trójcy w Warszawie podpisały dokument „Sakrament chrztu znakiem jedności” – o wspólnym uznaniu sakramentu chrztu. Baptyści jako jedyny członek PRE nie podpisali tego dokumentu.
Struktura PRE Prezesem Polskiej Rady Ekumenicznej jest bp Andrzej Malicki, superintendent Kościoła Ewangelicko-Metodystycznego w RP. Wiceprezesami Rady są abp Abel (ordynariusz diecezji lubelsko-chełmskiej Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego) oraz bp Maria Karol Babi (były zwierzchnik Kościoła Starokatolickiego Mariawitów w RP), sekretarzem ks. Adam Malina (prezes Synodu Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP), zaś skarbnikiem sup. Marek Izdebski (były zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Reformowanego). Dyrektorem biura PRE jest ks.