Długość życia wynosić może 8 do 18 lat.
Zagrożenia i ochrona Pomimo że szczeżuja spłaszczona jest szeroko rozprzestrzeniona, populacje cechuje wyspowe rozmieszczenie, zagęszczenia osobników są niewielkie, miejscami liczebności populacji maleją czy wręcz zanikają. Na czerwonej liście IUCN miała w 2015 roku status gatunku narażonego (VU). Ponieważ zanikła (lub zanika) w wielu krajach Europy Zachodniej i Środkowej, została wpisana na lokalne listy gatunków zagrożonych (m.in. we Francji, Niemczech, Czechach, Słowacji, Białorusi, Szwecji i Estonii). W Polsce szczeżuja spłaszczona jest gatunkiem rzadkim, objętym częściową ochroną gatunkową. W Polskiej czerwonej księdze zwierząt. Bezkręgowce została zaliczona do kategorii gatunków zagrożonych (EN).
Podanie dokładnej wielkości polskiej populacji tego małża nie jest obecnie możliwe, a zagrożenia tego gatunku nie są do końca rozpoznane. Wydaje się jednak, ze znaczące zagrożenie dla tego gatunku stwarza zanieczyszczenie wód oraz ich eutrofizacja, na którą szczególnie wrażliwe są młode małże. Regulacja rzeki i ich hydrotechniczna zabudowa są przyczyną niszczenia poszczególnych ich siedlisk.