Drugi i trzeci palec dłoni były jedynie nieznacznie zredukowane, co wskazuje, że kończyny przednie Haplocheirus były w pełni funkcjonalne i prawdopodobnie zdolne do chwytania, w przeciwieństwie do kończyn bardziej zaawansowanych przedstawicieli Alvarezsauroidea.
Według analizy filogenetycznej przeprowadzonej przez Choiniere'a i współpracowników Haplocheirus jest najbardziej bazalnym przedstawicielem Alvarezsauroidea, jedynym nienależącym do Alvarezsauridae. Jest także starszy o co najmniej 63 mln lat od kolejnego najstarszego znanego alwarezauroida, co sugeruje, że przedstawiciele tego kladu wyewoluowali w Azji. Ponieważ Haplocheirus jest również jednym z największych alwarezauroidów, wskazuje to, iż Alvarezsauroidea stopniowo zmniejszały swoje rozmiary, co jest zjawiskiem rzadkim u dinozaurów nienależących do Paraves. Przynależność Haplocheirus do Alvarezsauroidea potwierdzają późniejsze analizy filogenetyczne przeprowadzone przez Sentera i współpracowników (2012), Turnera i współpracowników (2012) oraz Choiniere'a i współpracowników (2012);