Pochodzenie Nabonid, w przeciwieństwie do swoich poprzedników, nie był związany z rodziną królewską panującą w Babilonie, a o jego pochodzeniu wiadomo jest niewiele. Przypuszcza się, iż urodził się ok. 610 r. p.n.e. O ojcu Nabonida, Nabu-balassu-iqbi, poza jego imieniem i przypisywanymi mu tytułami „księcia” (rubû) i „gubernatora” (šakkanakku), nic więcej nie wiadomo. Niektórzy uczeni widzą w nim przywódcę jednego z plemion aramejskich lub dostojnika asyryjskiego w Harranie. Matka Nabonida, Adda-guppi', znana ze swej „autobiograficznej” inskrypcji odkrytej w Harranie, pochodziła być może z upadłej asyryjskiej dynastii królewskiejSaggs H.W.F., Wielkość i upadek Babilonii, Warszawa 1973, s. 94.. Do końca istnienia imperium asyryjskiego mieszkała ona w Harranie, skąd po zdobyciu tego miasta przez armię nowobabilońską uprowadzona została do Babilonu. W Babilonie zamieszkała ona w pałacu królewskim, ale zajmowana przez nią tam pozycja pozostaje nieznana.