Po rozpoczęciu w 2003 wojny w Iraku Ali Chamenei publicznie wyrażał zadowolenie z amerykańskiej interwencji przeciw Saddamowi Husajnowi.

Prezydentura Mahmuda Ahmadineżada W 2005 kolejnym prezydentem Iranu został konserwatysta Mahmud Ahmadineżad, wspierany przez Najwyższego Przywódcę i Korpus Strażników Rewolucji Islamskiej. Jego relacje z Najwyższym Przywódcą również nie były jednak proste, oba ośrodki władzy w pierwszych latach silnie rywalizowały o wpływy. W październiku 2005 Chamenei nakazał Radzie Ustalania Właściwego Porządku kontrolowanie rządu, zaś rok później ogłosił, wbrew opinii prezydenta, że 80% irańskiej gospodarki powinno znaleźć się w rękach prywatnych. Według Michaela Axworthy’ego Ahmadineżad był gotów podporządkować się samemu Chameneiemu, jednak nie zamierzał w całości rezygnować z politycznej niezależności i ograniczyć się do wykonywania poleceń innych wpływowych konserwatystów.

Przed wyborami prezydenckimi w Iranie w 2009 r. Chamenei udzielał zdecydowanego poparcia Ahmadineżadowi. Natychmiast po ogłoszeniu pierwszych wyników głosowania nazwał zwycięstwo urzędującego prezydenta „sądem boskim”. Reformatorzy oskarżyli następnie rząd Iranu o sfałszowanie wyborów;