Za kierownicą nowej Córdoby Rovanperä pojechał w Rajdzie Finlandii. Zajął w nim piąte miejsce, a szóste zajął jego partner z zespołu SEAT-a, Toni Gardemeister. Także w kolejnym rajdzie, Rajdzie Chin, Rovanperä był piąty. W październiku, w Rajdzie Sanremo zajął szesnastą pozycję, a w listopadzie, w Rajdzie Australii był szósty. W ostatnim rajdzie sezonu 1999, Rajdzie Wielkiej Brytanii, Rovanperä po raz pierwszy w karierze stanął na podium w mistrzostwach świata. Zajął trzecie miejsce i przegrał jedynie z Richardem Burnsem i Juhą Kankkunenem. W całym sezonie 1999 Fin zdobył 10 punktów i zajął dziewiątą lokatę w klasyfikacji generalnej mistrzostw świata.
W sezonie 2000 Rovanperä wziął udział tylko w czterech rajdach mistrzostw świata. W lutym 2000 jadąc SEAT-em Córdobą był dwunasty w Rajdzie Szwecji. W marcu 2000 wystartował w Rajdzie Portugalii za kierownicą prywatnej Toyoty Corolli WRC. Zajął w nim czwarte miejsce i przegrał tylko z trzema kierowcami zespołów fabrycznych: Richardem Burnsem, Marcusem Grönholmem i Carlosem Sainzem. W sierpniowym Rajdzie Finlandii Rovanperä także pojechał Toyotą Corollą WRC. W zawodach tych stanął na podium, po raz drugi w karierze. Przegrał z Grönholmem o ponad minutę i z drugim Colinem McRae o 3,4 sekundy.