Od marca 1942 brały także udział w lotach na minowanie wód przybrzeżnych, które były niebezpieczne i przynoszące szczególnie duże straty. Największa do tamtej pory liczba Stirlingów - 88, wzięła udział w nocnym nalocie 1000 samolotów na Kolonię 30/31 maja 1942 (stracono dwa). W nalocie na Hamburg w nocy z 28 na 29 lipca wzięło udział 71 Stirlingów, lecz utracono 9.
thumb|Załadunek bomb do Stirlinga W kwietniu 1943 weszła do służby wersja Mk.III i od maja 1943 w wielkich nalotach zaczęło brać udział po 100-120 samolotów tego typu (m.in. 24 lipca 1943 w nalocie na Hamburg wzięło udział 125 Stirlingów). Ponosiły one jednak duże straty, proporcjonalnie wyższe niż inne ciężkie bombowce. W związku z tym, z uwagi na wzrastające dostawy nowocześniejszych bombowców czterosilnikowych Avro Lancaster i Handley Page Halifax, jesienią 1943 dowództwo lotnictwa bombowego zdecydowało stopniowo wycofać Stirlingi z jednostek pierwszoliniowych. Od grudnia 1943 bombowe Stirlingi były używane głównie do minowania oraz bombardowania wyrzutni V-1 we Francji. Stosowano je także do dokonywania zrzutów ludzi i zaopatrzenia dla ruchu oporu, na bliższych dystansach, m.in. we Francji (do lotów dalszych używano głównie Halifaxów). Ostatni lot bojowy Stirlingów miał miejsce 8 sierpnia 1944 na Hawr.