Nowa pozycja Humphreysa znalazła się okrakiem nad Emmitsburg Road, bezpośrednio na kierunku natarcia wojsk konfederackich, a linia frontu była zbyt długa do obrony przez jedną dywizję. Zaatakowane przez dywizję of gen. mjr. Lafayette McLawsa trzy brygady Humphreysa zostały zdziesiątkowane; Sickles wycofał brygadę rezerwową Humphreysa, by dołączyła do sąsiedniej dywizji (gen. mjr. David Birney), która miała być następnym celem ataku. Humphreys walczył tak długo jak mógł, a w końcu wycofał resztki swych ludzi na Cemetery Ridge, niemniej jednak jego dywizja, jak zresztą cały korpus, przestała praktycznie istnieć.
8 lipca Humphreys został mianowany generałem majorem czasu wojny i ostatecznie przyjął propozycję Meade’ego, by zostać jego szefem sztabu, jako że z jego dywizji niewiele zostało. Na tej pozycji pozostawał w ciągu wszystkich jesiennych kampanii aż do oblężenie Petersburga w roku 1864. W listopadzie 1864 objął dowództwo II Korpusu, na czele którego stał do zakończenia oblężenia, a potem podczas pościgu za gen. Robertem Lee do Appomattox Court House i kapitulacji.