Sąd uznał także Musharrafa winnym nie tylko śmierci Bhutto, ale także odsunięcia od obowiązków i przetrzymywania sędziów Sądu Najwyższego w 2007 oraz zabójstwa w 2006 przywódcy rebelii w niestabilnej prowincji Beludżystan – Akbara Buktiego. Zarzucono mu również wydanie rozkazu szturmu na Czerwony Meczet w Islamabadzie w 2007, w którym zabarykadowała się grupa zbuntowanych przeciwko rządowi islamskich konserwatystów, domagających się wprowadzenia szariatu. Podczas ataku zginął m.in. główny mułła meczetu Abdul Rashid Ghazi. Musharraf opuścił areszt domowy 4 listopada 2013 po wpłaceniu kaucji 200 tys. rupii (ok. 2 tys. dolarów) w sprawie dotyczącej zabójstwa islamskiego duchownego wp.pl [04-11-2013].. 31 marca 2014 sąd oskarżył byłego prezydenta o zdradę stanu, co rozumiane było przez zawieszenie konstytucji w 2007 i wprowadzenie dyktatorskich rządówMusharaff oskarżony o zdradę stanu. Grozi mu kara śmierci tvn24.pl [31-03-2014]..
W 2016 otrzymał zgodę na wyjazd z kraju w celu leczenia i od tego czasu przebywał w Dubaju. 17 grudnia 2019 sąd w Peszawarze skazał Musharrafa na karę śmierci.