Każda rada samorządu lokalnego wybiera do kolegium wyborców co najmniej jednego przedstawiciela, który musi być obywatelem Estonii. Parlament przedstawia kolegium wyborców dwóch kandydatów na urząd prezydenta, którzy otrzymali największą liczbę głosów w poprzednich głosowaniach. Prawo zgłaszania kandydata na urząd prezydenta ma także co najmniej dwudziestu jeden członków kolegium wyborczego. Kolegium wyborców wybiera Prezydenta Republiki większością głosów swych członków biorących udział w głosowaniu. Jeżeli w pierwszej turze głosowania żaden z kandydatów nie zostanie wybrany, to tego samego dnia przeprowadza się drugą turę głosowania, w której uczestniczą dwaj kandydaci, którzy otrzymali największą liczbę głosów.
Kadencja Prezydenta Republiki wybiera się na pięć lat. Nikt nie może zostać wybranym na urząd Prezydenta Republiki więcej niż na dwie kolejne kadencje. Wybory zwyczajne Prezydenta Republiki przeprowadza się nie wcześniej niż na sześćdziesiąt i nie później niż na dziesięć dni przed upływem kadencji Prezydenta Republiki.