Wraz z przeniesieniem klasztoru Otto II uznał klasztor za jedno z "opactw Rzeszy", co dawało mu dużą niezależność. Szybko stał się najbogatszym zgromadzeniem zakonnym w swoim regionie – sprzyjało mu położenie na ważnym szlaku handlowym, a bogate nadania majątków i praw w pierwszym okresie jego istnienia czynili nie tylko bezpośredni fundatorzy, ale także królowie niemieccy z dynastii saskiej i salickiej (którzy co najmniej kilkakrotnie odwiedzali położone na ówczesnych peryferiach ich władztwa opactwo). Posiadało dzięki temu liczne majątki ziemskie na terytoriach marchii przygranicznych Rzeszy (m.in. miasto Harzgerode). Szczyt potęgi opactwa przypada na pierwszą połowę XII w., ale w 1166 r. straciło ono niezależność i zostało podporządkowane arcybiskupom Magdeburga. W tym okresie w opactwie w Niemburgu działał i napisał swoją kronikę Annalista Saxo.
Upadek klasztoru nastąpił w XVI w. wskutek reformacji i wojny chłopskiej (1524–1525). W 1563 r. budynki opactwa zostały oddane książętom anhalckim, którzy zamienili je pod koniec XVII w. na zamek używany jako oprawa wdowia dla księżnych. W 1871 r. zamek został sprzedany i użytkowany później jako fabryka słodu.