Budowa prototypu trwała jednak dość długo ze względu na brak doświadczenia w budowie całkowicie metalowych samolotów. W 1937 roku na wielkiej narodowej wystawie lotniczej w Pradze pokazano drewnianą makietę samolotu w skali 1:1. Oblot prototypu Letov Š-50 planowano początkowo na marzec 1938 roku, ale właściwe próby w locie rozpoczęły się dopiero w listopadzie 1938 roku.
Po zajęciu Czechosłowacji przez Niemcy w marcu 1939 roku samolot został przez nich przejęty i otrzymał cywilną niemiecką rejestracją D-OPCO oraz swastykami na usterzeniu. Samolot wystawiono w lecie 1939 roku na międzynarodowej wystawie lotniczej w Brukseli, na stanowisku Protektoratu Czech i Moraw. Po wystawie samolot wrócił do zakładów, a następnie przekazano go do ośrodka doświadczalnego Luftwaffe w Rechlinie, gdzie przeprowadzono szereg testów. W trakcie tych testów uległ on uszkodzeniu, powrócił wtedy do wytwórni, gdzie ostatecznie go zezłomowano.
Użycie w lotnictwie Samolot Letov Š-50 używany był tylko do testów fabrycznych, a po zajęciu Czechosłowacji przechodził testy w ośrodku doświadczalnym