Markko Märtin (ur. 10 listopada 1975 w Tartu) – estoński kierowca rajdowy. Był fabrycznym kierowcą zespołów Subaru, Forda i Peugeota. W latach 1997–1999 jego pilotem był rodak Toomas Kitsing, a w latach 2000–2005 Brytyjczyk Michael Park.
Swoją karierę rajdową Märtin rozpoczął w 1994 roku, a jego pierwszym samochodem była Łada Samara. W sierpniu 1997 roku zadebiutował w Rajdowych Mistrzostwach Świata jadąc Toyotą Celiką Turbo 4WD. Debiutanckiego Rajdu Finlandii nie ukończył z powodu awarii skrzyni biegów. W latach 1997 i 1998 wywalczył dwa tytuły mistrza Estonii. W 2001 roku został członkiem zespołu Subaru, a w latach 2002-2004 był fabrycznym kierowcą zespołu Forda. W listopadzie 2002 roku podczas Rajdu Wielkiej Brytanii 2002 po raz pierwszy w karierze stanął na podium w rajdzie mistrzostw świata – zajął drugą pozycję. Z kolei w czerwcu 2003 wygrał swój pierwszy rajd w mistrzostwach świata, Rajd Grecji. W 2004 roku zajął 3. miejsce w klasyfikacji generalnej mistrzostw świata, najwyższe w swojej karierze. W 2005 roku odszedł do zespołu Peugeota. 18 września 2005 na ostatnim odcinku Rajdu Wielkiej Brytanii miał wypadek, w wyniku którego zginął jego pilot Michael Park. Wtedy też Märtin wycofał się ze startów w rajdowych mistrzostwach świata.