W czasie pobytu delegacji rosyjskiej w Pekinie archimandryta Bazyli (Yao) otrzymał nominację na biskupa, stając na czele Chińskiego Kościoła Prawosławnego, podległego Rosyjskiemu na zasadzie autonomii. Jego wybór i reorganizacja struktur prawosławnych w kraju została zaakceptowana przez Radę Państwa 24 kwietnia 1956.
Utrata hierarchii W 1962 zmarł biskup pekiński Bazyli (Yao), a w trzy lata później Szymon (Du). Ze względu na sytuację w Chinach dokonanie wyboru ich następców – bądź podjęcie pracy duszpasterskiej przez hierarchów narodowości rosyjskiej – było niemożliwe. Od tego momentu Chiński Kościół Prawosławny nie posiada własnej hierarchii biskupiej History of Orthodoxy in China. Niemal całkowite zniszczenie Kościoła przyniosła rewolucja kulturalna. Cerkwie prawosławne oraz kapłani i wierni ulegli, podobnie jak inni chrześcijanie, gwałtownym prześladowaniom. Szereg świątyń zostało zniszczonych, a księży – zamordowanych. Dalsze praktyki religijne musiały odbywać się w podziemiu, na bardzo ograniczoną i trudną do oszacowania skalę. W 1978 nowa konstytucja Chińskiej Republiki Ludowej wymieniała pięć legalnych religii – islam, buddyzm, taoizm, katolicyzm i protestantyzm.