Owe mordy i aresztowania były zresztą elementem szerszej akcji eksterminacyjnej, realizowanej jesienią 1939 na okupowanych terenach Pomorza Gdańskiego. W ramach tzw. Intelligenzaktion (pol. akcja „Inteligencja”) Niemcy zamordowali wówczas ok. 30–40 tys. mieszkańców regionu.
Już 8 września 1939 Niemcy przeprowadzili w Rypinie szereg brutalnych rewizji w żydowskich domach. Dwa dni później wezwano wszystkich mężczyzn narodowości żydowskiej do stawienia się przed niedokończonym budynkiem gimnazjum. Tam spośród przybyłych wybrano grupę mężczyzn w wieku 18–30 lat, których zmuszono następnie do pracy przy budowie szkoły. Wiele osób zostało ciężko pobitych. 17 września Niemcy podłożyli ogień pod synagogę i bet midrasz, a następnie aresztowali przewodniczącego gminy żydowskiej, Szymona Kohna, pod zarzutem podpalenia (zarzut zmieniono później na spowodowanie pożaru przez nieostrożność). Żydów zmuszono do uprzątnięcia pogorzeliska i nałożono na nich kontrybucję w wysokości 30 000 zł. W październiku 1939 Niemcy powołali 12-osobowy Judenrat (złożony z przedstawicieli żydowskiej elity miasta), którego członków wkrótce aresztowano i ciężko pobito. Cała dwunastka wyszła na wolność dopiero po zapłaceniu okupu.