Gestapo nie dowiedziało się o jej udziale w spisku.
Po nieudanym zamachu na Hitlera, przeprowadzonym 20 lipca 1944 w Wolfsschanze większość członków organizacji oskarżono o zdradę stanu i skazano przed Volksgerichtshof (Trybunałem Ludowym) na śmierć. Wśród zabitych był także jej mąż. Freya von Moltke bezskutecznie starała się o jego zwolnienie z więzienia.
Od 1947 do 1956 r. zajmowała się pracą społeczną i mieszkała ze swoimi oboma synami najpierw w Związku Południowej Afryki, ojczyźnie jej zmarłej teściowej. W 1960 przeprowadziła się do Norwich, w stanie Vermont w USA, do filozofa kultury Eugena Rosenstock-Huessy, który w czasach młodości jej męża mocno wpłynął na Helmutha Jamesa von Moltke.
Angażowała się na rzecz zachowania dziedzictwa Kręgu z Krzyżowej, jak i przekształcenia dóbr w międzynarodowy ośrodek spotkań. Od 1990 r. była, jako honorowa przewodnicząca zarządu i rady, związana z Fundacją „Krzyżowa”, zajmującą się międzynarodową wymianą młodzieży i promowaniem dziedzictwa Kręgu z Krzyżowej.
W 2009 r. otrzymała nagrodę im. Adama Mickiewicza, przyznawaną przez Komitet Wspierania Współpracy Francusko-Niemiecko-Polskiej (Trójkąt Weimarski) za szczególny wkład w pojednanie i współpracę europejską.