W 1112 r. papież Paschalis II osadził w klasztorze przy bazylice benedyktynki, natomiast w 1479 r. Sykstus IV zamknął ten żeński klasztor, a w ich miejsce osadził ambrozjanów. Z kolei w 1489 r. Z kolei Innocenty VIII zastąpił ich kanonikami regularnymi laterańskimi, którzy przebywają tam do czasów obecnych. W 1708 r. bazylika stała się kościołem parafialnym, opiekę nad parafią powierzono kanonikom laterańskim.
Architektura i sztuka
Kościół ma trzy nawy z trzema kaplicami w każdej z nich.
Ołtarz główny pochodzi z czasów papieża Pawła V. Umieszczone są w nim m.in. relikwie św. Agnieszki i św. Emerencjany. Baldachim nad ołtarzem głównym pochodzi z 1614 r., jednak podtrzymujące go cztery porfirowe kolumny pochodzą z czasów starożytnych. Tron biskupi stojący za ołtarzem pochodzi prawdopodobnie z VII wieku. Najstarszym przedmiotem w świątyni jest świecznik paschalny datowany na II wiek.
Nad tabernakulum znajduje się figura św. Agnieszki, wykonana przez Nicolasa Cordiera. Wykorzystał on starożytny alabastrowy korpus, który uzupełnił elementami z brązu (głowa i kończyny).
Strop kasetonowy pochodzi z roku 1606, jest bogato rzeźbiony, pośrodku wizerunek św. Agnieszki, oprócz niej św.