Podejmowali na czajkach wyprawy łupieżcze do Imperium Osmańskiego.
Od czasu rządów Chmielnickiego istniała autonomiczna kozacka struktura terytorialna zwana Hetmanatem. Na jej czele stał hetman (pochodzący z wyboru), wokół niego skupiała się starszyzna kozacka oraz generalny pisarz. Najważniejsze decyzje zapadały na radzie kozackiej. W wyprawach wojennych uczestniczyli Kozacy, a lud wiejski stanowiła czerń.
Od XVI do XVII w. doszło do serii powstań kozaków zaporoskich przeciwko Koronie. Pierwsze w latach 1591–1593 pod wodzą Krzysztofa Kosińskiego. Drugim 1595–1597 dowodził Seweryn Nalewajko. Oba powstania zakończyły się klęską. Najważniejsze powstanie pod przewodnictwem Bohdana Chmielnickiego zakończyło się ugodą perejasławską (1654) pomiędzy Hetmanatem i carem Rosji Aleksym I, podporządkowującą Ukrainę Naddnieprzańską carowi. Konsekwencją była długoletnia (1654–1667) wojna Rzeczypospolitej z Rosją, która zakończyła się przejęciem Ukrainy Lewobrzeżnej z Kijowem przez Rosję. Ukraina Lewobrzeżna zachowała autonomiczny system rządów Hetmanatu, sukcesywnie po bitwie pod Połtawą (1709) ograniczany przez carów, aż do całkowitej likwidacji w 1764.