Zasada dodatkowości zapewnia, że subwencje z funduszy strukturalnych nie zastępują publicznych wydatków strukturalnych lub równoważnych ponoszonych przez państwa członkowskie, a jedynie je uzupełniają (współfinansowanie) i rzeczywiście wpływają na gospodarkę. Poziom tych wydatków jest określany dla wszystkich regionów na okres programowania przez Komisję Europejską i dane państwo członkowskie. Zasada dodatkowości nie dotyczy FS, który w tym zakresie jest objęty zasadą warunkowości.
Zasada programowania polega na określeniu wieloletnich (np. lata 2007-2013) priorytetów na poziomie Unii Europejskiej i państwa członkowskiego, sposobu finansowania oraz systemu zarządzania i kontroli. Zasada ta ulega modyfikacji w stosunku do poprzedniego okresu, co pozwoliło nie tylko na dostosowanie funduszy do najważniejszych wyzwań strategicznych polityki spójności, ale i uproszczenie systemu programowania.
Zasada pomocniczości lub terytorialnego szczebla realizacji oznacza, że programy operacyjne powinny być realizowane na właściwym szczeblu terytorialnym w