Całością sił radziecko-rządowych w czasie operacji Tajfun oficjalnie dowodził dowódca 40. Armii gen. Boris Gromow, możliwe że była ona kierowana bezpośrednio przez oficerów Sztabu Generalnego i nadzorowana przez ówczesnego ministra obrony ZSRR Dmitrija Jazowa.
Mudżahedini
Na początku 1989 roku oddziały mudżahedinów w dolinie Panczsziru dowodzone przez Ahmada Szah-Masuda szacowane były na ok. 10 tys. dobrze wyszkolonej i doświadczonej w walkach piechoty. Były one również dobrze uzbrojone w broń automatyczną, bliżej nieznaną liczbę zdobycznych moździerzy kal. 82 mm. i dział bezodrzutowych kal. 75 mm. oraz dział kal. 76,5 mm., 100 mm i 122 mm., a nawet czołgów T-54/55 i T-62. Mudżahedini dysponowali również ok. 300 wyrzutniami rakiet p.lot. Stinger.
Kontrowersje Jest to jedna z najbardziej kontrowersyjnych operacji radzieckich w Afganistanie. Głównym zarzutem wobec Rosjan jest użycie przez nich ciężkiej artylerii i lotnictwa przeciwko ludności cywilnej. Zrównanie z ziemią wsi leżących wzdłuż strategicznej drogi – dla Rosjan naturalnych baz mudżahedinów – oznaczała straty wśród ludności cywilnej.