Od wyboru ścieżki zależą również pewne przyszłe okoliczności, których gracz doświadczy, jak również zakończenie gry.
Gra została uznana za bardzo dobrą, ze względu na poprawioną grafikę i sterowanie, a także na oryginalną fabułę, długość gry i oczywiście dużą grywalność. Podobnie jak poprzedniczka doczekała się także wersji zręcznościowej: Indiana Jones and the Fate of Atlantis: The Action Game.
Fabuła Rok 1939. W czasie drugiej wojny światowej naziści chcą odnaleźć zaginioną Atlantydę – miasto, które przed wiekami zostało zmiecione z powierzchni ziemi w tajemniczych okolicznościach. Podobno w ruinach Atlantydy znajduje się potężna broń, dlatego Indiana Jones i Sophia Hapgood podążają tropem Niemców, by nie dopuścić do jej odnalezienia i wykorzystania przeciwko ludzkości.
Sophia jest w posiadaniu niezwykłego artefaktu – medalionu boga Nur-Ab-Sala. Przy użyciu medalionu oraz kulek z niezwykle cennego metalu, orichalcum, przywołuje ducha Nur-Ab-Sala, który nakierowuje dalsze poszukiwania na zaginione Dialogi Platona.