2005 – 2007 Na początku 2005 roku Ninjas in Pyjamas zostało reaktywowane. Gracze nie chcieli odnowić kontraktów z SK Gaming, które zalegało z wypłatą zarobionych pieniędzyJonathan Siegfried: Counter-Strike: HeatoN speaks out on NiP, SK Departure , GotFrag.com, 2005-01-01. [dostęp: 27 grudnia 2009].. Jednak w tym samym roku niektórzy z nich wrócili do SK, tym samym zmuszając NiP do znalezienia nowych talentów będących w stanie zastąpić starych graczy. Emil Christensen razem z Tommym Ingemarssenem zreformowali klan, który został wykupiony przez Gamers Paradise Holding. Drużyna nadal brała udział w międzynarodowych turniejach, zajmując w nich wysokie miejsca. Jednym z największych sukcesów nowej ery NiP było wicemistrzostwo World Cyber Games 2006. W końcówce 2005 roku klan powiększył się o sekcję Warcrafta III pochodzącą z Korei Południowej. Drużyna brała udział w turnieju ESL WC3L Series, jednak w 2006 roku z powodu niezadowalających wyników sekcja została rozwiązana. Drużyna została rozwiązana we wrześniu 2007.