Po kilku latach rozbratu z futbolem, w 2003 roku Hiszpan podpisał kontrakt z Cordobą na poziomie Segunda División. W sezonie 2005/06 zaliczył kolejny powrót do Realu Madryt B, w związku z rezygnacją Juana Ramóna Lópeza Caro. 5 lipca 2006 przeszedł natomiast do Racingu Santander, pomagając kantabryjskiemu klubowi zająć 10. pozycję na finiszu rozgrywek.
Następnie Portugal pracował jako dyrektor techniczny we wcześniej wspominanym już Realu Madryt. W listopadzie 2008 roku miał możliwość przejęcia pierwszej drużyny tego klubu, aczkolwiek ówczesny prezydent Ramon Calderón postawił na Juande Ramosa.
19 listopada 2009 hiszpański szkoleniowiec zdecydował się na powrót do Racingu Santander. Było to pokłosiem zwolnienia Juana Carlosa Mandii. Portugal podpisał dwuletni kontrakt na Estadio El Sardinero, aczkolwiek nie miał udanych początków w swoim starym-nowym klubie. W lutym 2011 roku został zwolniony z Racingu Santander po dwóch latach pracy w tym klubie.
W 2012 roku wyjechał z Hiszpanii, aby zostać trenerem boliwijskiego Bolivar La Paz, który trenował od 1 lipca 2012 do 31 grudnia 2013. 8 stycznia 2014 został nowym trenerem Club Athletico Paranaense, został zwolniony 19 maja 2014, po tym, jak w pierwszych pięciu kolejkach, wygrał zaledwie jedno spotkanie z Gremio (1:0).