Architektura i wyposażenie Cerkiew w Wojkowej jest cerkwią łemkowską, trójdzielną. Ponad przedsionkiem wznosi się wieża o konstrukcji słupowo-ramowej, z drewnianym hełmem i kutym krzyżem. Podobne hełmy wznoszą się nad nawą i prezbiterium. Ściany wieży obite gontem a pozostałe szalowane poziomymi deskami. Okna w cerkwi są kwadratowe. Do prezbiterium dostawiona jest zakrystia, zaś samo pomieszczenie ołtarzowe zostało trójbocznie zamknięte. Pierwotnie cały obiekt był kryty gontem, obecnie dachy pokryte są blachą.

We wnętrzu zachował się ikonostas wykonany dla cerkwi w okresie jej wznoszenia, z którego usunięto królewskie wrota oraz drzwi diakońskie. W nawie znajduje się ikona Chrystusa Nauczającego, również z XVIII wieku oraz berło procesyjne z wieku XIX. Zachowała się również wykonana w 1938 tuż przed II wojną światową polichromia figuralno-ornamentalna ze scenami: Zmartwychwstania na namiotowej kopule nawy i Zwiastowania na stropie babińca.

Wokół cerkwi Teren przycerkiewny jest ogrodzony niskim kamiennym murkiem. Poza nim stoi nowa drewniana dzwonnica słupowo-ramowa pokryta dachem gontowym i współczesnymi dzwonami poświęconymi św. Kindze, Agacie i Józefowi.

Przypisy