W 2004 roku Mourinho przeniósł się do angielskiej Chelsea FC, z którą dwukrotnie, w 2005 i 2006 roku, zdobył mistrzostwo Anglii oraz kilka innych krajowych trofeów. Często udzielał kontrowersyjnych wypowiedzi oraz wywiadów, lecz swoimi wynikami udowadniał, że należy do światowej czołówki szkoleniowców. W sezonach 2004/05 i 2005/06 Międzynarodowa Federacja Historyków i Statystyków Futbolu (IFFHS) uznała go za najlepszego trenera na świecie.
Po serii słabszych wyników Mourinho został zwolniony i przed sezonem 2008/09 podjął się pracy we włoskim Interze Mediolan, z którym podpisał trzyletni kontrakt. Już po trzech miesiącach pracy zdobył swoje pierwsze trofeum, Superpuchar Włoch, zaś całe rozgrywki 2008/09 zakończył z tytułem mistrzowskim. W następnym sezonie jako pierwszy menadżer w historii Włoch zdobył potrójną koronę, czyli wygrał ligę, krajowy puchar oraz Ligę Mistrzów. Stał się również trzecim menadżerem w historii futbolu, który dwukrotnie wygrał Ligę Mistrzów z dwoma różnymi zespołami. Wcześniej dokonali tego tylko Ernst Happel i Ottmar Hitzfeld.
28 maja 2010 roku, Mourinho objął drużynę Realu Madryt, podpisując z królewskimi 4-letni kontrakt, stając się jednocześnie najlepiej zarabiającym trenerem świata.