W dniu 18 grudnia 1994 uczestniczył w otwarciu odcinka metra na Plaza Wenezuela – El Valle, którego budowa została zapoczątkowana przez poprzednie rządy. W 1996 papież Jan Paweł II podczas drugiej wizyty w Wenezueli pobłogosławił osadzonych w więzieniu Catia, w zachodniej części Caracas. 12 października 1997 do Wenezueli przyleciał prezydent Stanów Zjednoczonych Bill Clinton. W listopadzie tego samego roku na wyspie Margarita miało miejsce spotkanie uczestników siódmej konferencji iberoamerykańskiej. W czerwcu 1998 w Caracas odbyło się inauguracyjne XXVIII posiedzenie Zgromadzenia Ogólnego Organizacji Państw Amerykańskich.
Ostatnie lata i śmierć 2 lutego 1999 Rafael Caldera zakończył swą drugą kadencję jako prezydent i został zastąpiony przez Hugo Cháveza. Jego zły stan zdrowia spowodowany chorobą Parkinsona, która zmusiła go do wycofania się z życia politycznego, w okresie ostatniego roku. Caldera zmarł 24 grudnia 2009 około 2:00 w nocy w wieku 93 lat. Jego syn Aldrés Caldera ogłosił jedynie fakt śmierci, nie podając przyczyny. Pogrzeb odbył się 26 grudnia 2009 w Caracas.
Życie prywatne Jego pierwszą żoną została Alicia Pietri de Caldera.