W marcu 1989 uzyskał mandat w wyborach Zjazdu Deputowanych Ludowych ZSRR, a w lutym 1990 został członkiem Rady Najwyższej Litewskiej SRR. 11 marca 1990 wybrano go na jej przewodniczącego. Stał się wówczas głową państwa litewskiego. Przewodniczył w tym dniu historycznej sesji parlamentu, na której ogłoszono Akt Przywrócenia Państwa Litewskiego, proklamujący powstanie niepodległej Republiki Litewskiej. Pod jego przywództwem Litwa stawiła opór blokadzie i zbrojnej interwencji Armii Radzieckiej oraz uzyskała międzynarodowe uznanie niepodległości.

W 1992, po wygranych przez postkomunistów z LDDP wyborach, został liderem sejmowej opozycji. W 1993 na bazie znacznej części Sąjūdisu współtworzył nowe ugrupowanie pod nazwą Związek Ojczyzny (Litewscy Konserwatyści), którym kierował przez dziesięć lat. W kadencji 1996–2000 sprawował urząd przewodniczącego Sejmu. W 1998 bez powodzenia kandydował w wyborach prezydenckich, zajmując w nich trzecie miejsce z wynikiem 15,90%. Zasiadał także w parlamencie kolejnej kadencji (do 2004).

Od maja do lipca 2004 był posłem do PE V kadencji w ramach delegacji krajowej. W 2004 i 2009 uzyskiwał z ramienia konserwatystów mandat deputowanego do Parlamentu Europejskiego VI i VI kadencji.