W 1978 założył zespół Public Image Ltd, w którym był wokalistą, klawiszowcem i gitarzystą. Po zaprzestaniu w 1993 roku działalności Public Image Ltd., Lydon na krótko reaktywował Sex Pistols, a także nagrał solowy album Psycho’s Path (1997). W roku 2009 wznowił działalność Public Image Ltd., z którym w 2012 roku wydał płytę studyjną This Is PiL, koncertował, m.in. na festiwalu w Glastonbury 2013.
W 1993 roku napisał autobiografię „Rotten: no Irish, no Blacks, no Dogs”.
Wystąpił też w filmach. We włoskim dreszczowcu Zły policjant (Copkiller/Order to Death, 1983) jako psychopatyczny przestępca Leo Smith, który podaje się za mordercę policjantów i wciąga w niebezpieczną grę skorumpowanego porucznika policji (Harvey Keitel). Można go było też dostrzec w paradokumentalnej komedii The Independent (2000) z Jerrym i Benem Stillerami, norweskim dramacie Synowie Norwegii (Sønner av Norge, 2011) i filmie dokumentalnym Uwaga! Mr. Baker (Beware of Mr. Baker, 2012).